December 4-én, ciprusi látogatását követően Ferenc pápa Görögországba érkezett. A látogatás valóban rendkívüli esemény egy olyan országban, amelynek szinte a teljes lakossága ortodox vallású. Görögország méltó, de viszonylag hűvös fogadtatásban részesítette a katolikus egyházfőt. A repülőtéren nem várták lelkes, éneklő, tapsoló hívek, az utcákon semmi nem hívta fel a figyelmet a különleges látogatóra, nem voltak forgalomelterelések egy-két kisebb lezárástól eltekintve.
A történelem során a különbségek olyan hangsúlyosakká váltak, hogy ez néha szinte ellenségeskedéshez vezetett a katolikusok és az ortodoxok között. Vannak olyan nagyon negatív állásfoglalások is, amelyek semmilyen kölcsönös kapcsolatot nem kívánnak látni, és a katolikus egyházat eretneknek bélyegzik.
Erre utalt az a kisebb incidens is, ami akkor zavarta meg a pápalátogatás menetét, amikor Ferenc pápa éppen kiszállt az autóból, hogy találkozzék II. Jeromossal, a görög autokefál ortodox egyház vezetőjével. A villa kerítése előtt álldogálók közül egy idős ortodox pap hirtelen görögül kiáltozni kezdett: „Pápa, eretnek vagy!”. A rendet azonban gyorsan helyreállították.
Az ortodox érsekség ikonokkal gazdagon díszített tróntermében Ferenc pápa bocsánatot kért az ortodox egyháztól azokért a tévedésekért, amelyeket a katolikusok elkövettek. Szavai mintegy visszhangozták II. Jeromos pár perccel korábban elhangzott beszédét, aki azt kérte a pápától, legyen benne bátorság, hogy őszintén belássa elődei mulasztásait. A görögök azt róják fel Rómának, hogy nem támogatta polgári ellenállási mozgalmukat a török uralom alatt 1821-ben. A mostani látogatás alkalmával nem is kerül sor ökumenikus istentiszteletre, de a december 5-i pápai misén az ortodoxok azért képviseltetik magukat.
Görögországban a katolikus vallásúak aránya nem éri el a lakosság 1%-át. Területileg rendkívül szétszórtan élnek. Theodore Kontidis, júliusban kinevezett athéni érsek alatt 40 pap és szerzetes működik és látja el a 12 nagy területű és egymástól igen távol, néha 100-150 kilométerre fekvő egyházközséget. A görög származású katolikusok még e kicsiny csoportban is kisebbségben vannak a fülöp-szigeteki, lengyel vagy nigériai származásúak között.
Ferenc pápa az Aeropagita Szent Dénes katolikus székesegyházban találkozott mintegy 200 hívővel, akik sokkal melegebben és nagy örömmel üdvözölték. Beszédében a pápa a következő tanácsot adta nekik:
„Áldjátok a kicsinységet és fogadjátok el. Előkészíti lelketekben azt, hogy bízzatok Istenben, és csakis Istenben. A kisebbségi lét nem jelent jelentéktelenséget, hanem azt jelenti, hogy a kicsinység útján kell járni, amelyet az Úr nyit meg számunkra.”
December 5-én a pápa Leszbosz szigetére látogatott, ahol egy menekülttábor megtekintése után megdöbbenten úgy nyilatkozott, hogy az európaiak közömbössége a migrációval szemben egy
„civilizáció hajótörését”
mutatja.
„A Földközi-tenger egy óriási temető, amelyben nincsenek síremlékek. Ez a hatalmas víztükör, oly sok civilizáció bölcsője, mára a halált tükrözi vissza. Ne engedjük ezt! Kérlek benneteket, testvéreim, állítsuk meg a civilizáció hajótörését!”
– mondta Ferenc pápa.